租赁房屋有一部分违建合同有效吗

是无效。但是要注意的是，房主在一审法庭辩论终结前取得建设工程规划许可证或者经主管部门批准建设的，此时的房屋不再是违章建筑，房屋租赁合同有效。法律规定，出租人就未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定建设的房屋，与承租人签订的承租合同无效。
法律依据：
《最高人民法院关于审理城镇房屋租赁合同纠纷案件具体应用法律若干问题的解释》第二条
出租人就未取得建设工程规划许可证的规定建设的房屋，与承租人订立的租赁合同无效。但在一审法庭辩论终结前取得建设工程规划许可证或经主管部门批准建设的，人民法院应当认定有效。因此，如果最后判定房屋属违章建筑物，则对此订立的租赁合同无效。