农村盖房纠纷应该找哪个部门

乡土地所/县土地管理局土地管理局。我国的农村宅基由村上批，乡里备案，如果宅基地发生纠纷由乡级、县级经管站负责仲裁。对仲裁不服的可以向基层人民法院提起民事诉讼。
《土地管理法》第十条　国有土地和农民集体所有的土地，可以依法确定给单位或者个人使用。使用土地的单位和个人，有保护、管理和合理利用土地的义务。