行政機關敗訴後如何執行

視具體情況而定，如果人民法院判決確認違法或者無效的，同時判決責令被告採取補救措施，按照人民法院發生法律效力的判決、裁定在規定的時間內履行即可。
《中華人民共和國行政訴訟法》第九十四條當事人必須履行人民法院發生法律效力的判決、裁定、調解書。
第七十六條人民法院判決確認違法或者無效的，可以同時判決責令被告採取補救措施;給原告造成損失的，依法判決被告承擔賠償責任。