違法佔用集體土地或農用地進行建設，處理：由縣級以上人民政府土地行政主管部門責令退還非法佔用的土地，對違反土地利用總體規劃擅自將農用地改爲建設用地的，限期拆除在非法佔用的土地上新建的建築物和其他設施，恢復土地原狀，對符合土地利用總體規劃的，沒收在非法佔用的土地上新建的建築物和其他設施，可以並處罰款；對非法佔用土地單位的直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依法給予行政處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
法律依據：
《中華人民共和國土地管理法》第四十三條：任何單位和個人進行建設，需要使用土地的，必須依法申請使用國有土地；但是，興辦鄉鎮企業和村民建設住宅經依法批准使用本集體經濟組織農民集體所有的土地的，或者鄉（鎮）村公共設施和公益事業建設經依法批准使用農民集體所有的土地的除外。
前款所稱依法申請使用的國有土地包括國家所有的土地和國家徵收的原屬於農民集體所有的土地。
第四十四條：建設佔用土地，涉及農用地轉爲建設用地的，應當辦理農用地轉用審批手續。 省、自治區、直轄市人民政府批准的道路、管線工程和大型基礎設施建設項目、國務院批准的建設項目佔用土地，涉及農用地轉爲建設用地的，由國務院批准。
在土地利用總體規劃確定的城市和村莊、集鎮建設用地規模範圍內，爲實施該規劃而將農用地轉爲建設用地的，按土地利用年度計劃分批次由原批准土地利用總體規劃的機關批准。在已批准的農用地轉用範圍內，具體建設項目用地可以由市、縣人民政府批准。
第六十七條 縣級以上人民政府土地行政主管部門履行監督檢查職責時，有權採取下列措施：
（一）要求被檢查的單位或者個人提供有關土地權利的文件和資料，進行查閱或者予以複製；
（二）要求被檢查的單位或者個人就有關土地權利的問題作出說明；
（三）進入被檢查單位或者個人非法佔用的土地現場進行勘測；
（四）責令非法佔用土地的單位或者個人停止違反土地管理法律、法規的行爲。
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