總公司與分公司之間管理費該怎樣入賬

這要看二級公司之間的關係。
(1)如果都是獨立法人主體，那麼上交管理費就應屬於利潤分配範疇。
分公司:借:利潤分配_上交上級公司管理費
貸:銀行存款，或內部往來
上級公司做相反的會計科目。
(2)如果分公司屬非法人企業，只是上級公司的全資的分支機構，雖然覈算形式上是相對獨立的，而非獨立的核算單位
分公司:
借:管理費用——上交上級管理費
貸:銀行存款或內部往來
上級公司:
借:銀行存款
借:管理費用——下級上交管理費用(負數填列)
最後全公司報表合併後，內部收取或上交的管理費對應明細抵銷掉。不影響全公司對外披露會計信息的真實性，也不影響納稅。
《中華人民共和國發票管理辦法》第二十條