1、查閱的主體和提供查閱內容的義務人不統一
各地法院執行實務中一般認為查閱的權利主體應當是股東，即判決書確定的原告。但公司的財務會計報告、會計賬簿具有較強的專業性，股東本人可能很難鑑別其真實可靠、完整合法，實踐中是否可以委託專業人員協助其行使知情權?目前，公司法沒有規定知情權必須由股東本人親自行使或不能委託協助行使，在被查閱公司沒有證據證明股東委託他人協助行使知情權會對其公司權益造成損害的情況下，應當予以准許。很多學者認為可以引入檢查人制度，認為也是可行的。如果在執行過程中，可以由法院確定一箇中介部門選任一位專業人士參與到執行過程中，既可以知道指導申請人的查閱行為、又能替代法院做到監督工作，確實是兩全其美的。只是費用問題由誰承擔，法律沒有做出規定，認為應當由申請人作出選擇。如果申請人有需要，可以啟動這一程式，由申請人負擔費用，法院委託會計事務所派出專業人員作為檢查人進入執行程式。
執行的義務主體即股東知情權糾紛判決的被告，一般為公司。但實踐中，公司往往被人所操控，有些公司已經轉移或關閉，如何確定執行義務主體。有法院在判決時，將公司的控制股東、大股東或法定代表人作為第三人，在判決主文中確定其協助義務。在第三人拒不協助造成無法執行的情況時，法院可以追究第三人的責任。但是實踐中，很多判決是直接判決公司提供賬冊給股東查閱，這時法院可以根據民事訴訟法第二百四十九條第三款向實際持有公司賬冊的控制股東、法定代表人發出協助執行通知書，拒不交出的，可以強制執行該個人。
2、查閱的時間和地點難確定
《公司法》賦予股東知情權的目的和價值在於保障股東權利的充分行使，但這一權利的行使也應當在權利平衡的機制下進行，即對於經營效率、經營秩序等公司權益未形成重要不利影響。股東查閱的應當是和其欲知情的事項相互關聯的材料，而並非對公司財務的全面審計，故其查閱的時間應安排在公司正常的業務時間內，且不宜冗長拖沓，無休無止。對此，江蘇省宿遷市中級人民法院在李淑君、吳湘等訴江蘇佳德公司股東查閱原始帳據知情權糾紛案中，即判決佳德公司在判決生效之日起十日內提供公司成立以來的公司會計賬簿和會計憑證供李淑君、吳湘、孫杰、王國興查閱，上述材料由四上訴人在佳德公司正常營業時間內查閱，查閱時間不得超過十個工作日。
但是司法實踐中，考慮到這個問題的判決僅鳳毛麟角，南京市玄武區人民法院強制執行王陽明與陳啟太股東知情權糾紛案中，法院執行長達2個月之久，司法資源嚴重浪費。現實中有些公司也存在經營問題而導致運營不正常，公司已經無經營場所。因此需要在執行程式中就時間、地點問題重新進行確定。
3、對查閱的範圍理解不一致
《公司法》規定的股東可以查閱公司的會計賬簿，而原始會計憑證是否納入股東賬簿查閱權的範圍，法律沒有明確規定。在江蘇省常州市召開的全國法院公司法理論與實踐論壇學術會議中，有代表認為股東賬簿查閱權的範圍除了會計賬簿，還應當包括會計憑證。因為：其一，控股股東可以對公司經營狀況和財務狀況一覽無餘，因而小股東的知情權也應當同等對待;其二，範圍不包括原始會計憑證，那麼股東就不能真正瞭解公司真實的經營狀況，這顯然有違於股東賬簿查閱權立法的本意;其三，借鑑公司法律較完善的的做法，不應限制查閱的賬簿內容。
會計賬簿包括總賬、明細賬、日記賬和其他輔助性賬簿。”該條規定的會計賬簿確實並不包括原始會計憑證。但是該規定是關於會計人員和單位如何做賬的法律規定，不能作為公司法關於保護股東查閱權中的會計賬簿的適用根據。會計法和公司法具有各自的功能和適用範圍。
4、查閱的方式不一致
法律沒有規定摘抄，僅僅是允許查閱，所以不能由股東摘抄會計賬簿。這個看法是對法律的曲解。所謂查閱，其本來含義是包括查詢、閱覽、摘抄甚至複製的。如果說根據其前一款的規定，認為股東對會計賬簿的查閱不包括複製的話，但絕不能得出股東不能摘抄的結論。面對繁多的數字記錄，如果股東無法摘抄會計賬簿，其所為查閱是沒有任何價值的。
綜上所述，股東知情權是指股東享有了解和掌握公司經營管理等重要資訊的權利，是股東依法行使資產收益、參與重大決策和選擇管理者等權利的重要基礎。賬簿查閱權是股東知情權的重要內容，但是在執行實踐中，仍存在性質把握不準確、執行方法不明確、執行措施不得當、執行裁量模糊等問題，影響了股東知情權的實現。
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