補充合同金額超過主合同怎麼辦

主合同與補充合同衝突的，應當根據合同當事人的真實意思確認合同的效力。
補充協議是對主合同的補充或者變更，如果原合同沒有明確約定不得變更，當事人在補充協議中約定了與主合同相沖突的條款，應當以補充條款為準。
法律依據：
《民法典》第五百一十條
合同生效後，當事人就質量、價款或者報酬、履行地點等內容沒有約定或者約定不明確的，可以協議補充；不能達成補充協議的，按照合同相關條款或者交易習慣確定。