一、本罪與背信運用受託財產罪的界限
從犯罪構成上來看，本罪與背信運用受託財產罪的區別在於：
其一，兩罪的客觀行爲表現不同。本罪是違反國家相關規定運用社會保障基金、住房公積金以及其它一些公衆資金的行爲，而背信運用受託財產罪則是違背受託義務，擅自運用客戶資金以及其他委託、信託的財產的行爲。此外，背信運用受託財產罪中的“違背受託義務”，不僅僅只是侷限於違背委託人與受託人之間具體約定的義務，還包括違背法律、行政法規、部門規章規定的法定義務，但委託人與受託人之間具體約定的義務在本罪中則是不存在的。
其二，兩罪的犯罪主體不同。本罪的犯罪主體主要是社會保障基金管理機構、住房公積金管理機構等公衆資金管理機構，以及保險公司、保險資產管理公司、證券投資基金管理公司中直接負責的主管人員和其他直接責任人員，而背信運用受託財產罪的主體則主要是商業銀行、證券交易所、期貨交易所、證券公司、期貨經紀公司、保險公司或者其他金融機構。前者是自然人犯罪主體，後者則是單位犯罪主體。
二、本罪與挪用類犯罪的界限
兩者的區別在於：
第一，本罪與挪用類犯罪的本質及行爲結構是不同的。刑法將本罪與背信運用受託財產罪規定在同一條款中，正是因爲本罪與背信運用受託財產罪均屬於一般意義上的背信類犯罪，背信運用受託財產罪中相關單位違背的是基於客戶的委託而產生的信任關係，本罪中行爲人違背的則是法律規定的誠實處理公衆資金的義務。
第二， 本罪與挪用類犯罪在犯罪構成上也是不同的。本罪與挪用類犯罪在犯罪構成上具有以下幾點區別：首先，犯罪對象不同。其次，構成挪用類犯罪必須具備“挪用資金歸個人使用”的要件，而構成本罪則無需具備該要件。再次，挪用類犯罪對於資金被挪用後的具體用途以及使用時間長短等內容有着嚴格的限制，而本罪爲獨立的罪名，並非挪用類犯罪的注意規定，故本罪中行爲人運用公衆資金的情況對於資金被運用後的具體用途以及使用時間長短等內容並無特別要求。最後，挪用類犯罪成立條件之一的“利用職務上的便利” 與本罪成立條件之一的“違反國家規定”是不同的。
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