加班费属于劳动者劳动报酬所得的有效组成部分,个人所得税是按照劳动报酬的总额进行扣取,加班费也是要扣个人所得税的。【法律依据】《个人所得税法》第二条规定,下列各项个人所得,应当缴纳个人所得税:(一)工资、薪金所得;(二)劳务报酬所得;(三)稿酬所得;(四)特许权使用费所得;(五)经营所得;(六)利息、股息、红利所得;(七)财产租赁所得;(八)财产转让所得;(九)偶然所得。