建设工程结算纠纷的原因如下:1.工程量纷争;2.竣工决算时间的争议;3.合同违约的争议;4.材料价格市场波动的问题;5.总包和分包争议;6.尾款相关争议。【法律依据】根据《民法典》第五百七十七条:当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的,应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。