主合同作废后补充协议有效吗

应看主合同和补充协议具体约定的内容。一般补充协议和主合同具有同等法律效率。合同的权利义务终止应当符合《中华人民共和国合同法》(自2021年1月1日起废止）第六章的规定。第六章合同的权利义务终止。　　　
第九十一条有下列情形之一的，合同的权利义务终止：（一）债务已经按照约定履行；（二）合同解除；（三）债务相互抵销；（四）债务人依法将标的物提存；（五）债权人免除债务；（六）债权债务同归于一人；（七）法律规定或者当事人约定终止的其他情形。　　
第九十二条合同的权利义务终止后，当事人应当遵循诚实信用原则，根据交易习惯履行通知、协助、保密等义务。　　
第九十三条当事人协商一致，可以解除合同。当事人可以约定一方解除合同的条件。解除合同的条件成就时，解除权人可以解除合同。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》(自2021年1月1日起废止）第九十二条
合同的权利义务终止后，当事人应当遵循诚实信用原则，根据交易习惯履行通知、协助、保密等义务。　　
《民法典》第五百五十八条　债权债务终止后，当事人应当遵循诚信等原则，根据交易习惯履行通知、协助、保密、旧物回收等义务。
第五百五十九条　债权债务终止时，债权的从权利同时消灭，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。