关于运输合同纠纷的处理：
1、协商
运输合同纠纷出现后，大多数情况下，合同当事人双方会考虑到多年良好的合作关系和商业因素，互相退一步，争取友好协商调解，在此基础上达成和解协议，解决纠纷。
2、调解
但也会有一部分纠纷经过双方较长时间协商还是无法解决的，可以要求有关机构调解，如果一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。
3、仲裁
合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4、诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，则通过法院进行诉讼是解决纠纷最终的途径。运输合同纠纷可以按照我国的诉讼程序，由一方或双方向有管辖权的法院起诉，然后由法院根据适用法律和事实进行审理，最后作出判决。
相关法律知识：
《中华人民共和国合同法》第三百一十二条
货物的毁损、灭失的赔偿额，当事人有约定的，按照其约定;没有约定或者约定不明确，依照本法第六十一条的规定仍不能确定的，按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算。法律、行政法规对赔偿额的计算方法和赔偿限额另有规定的，依照其规定。
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