补充协议和购房合同在一起签订的吗

不是，一般来说，合同有主合同和补充协议的说法，补充协议是对主合同的修改和完善，通常情况都是主合同在先，补充协议在后。
《民法典》第五百一十条 合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。