股权转让协议和工商登记不符怎样处理

律师解析：这种情况，股权转让协议的效力应具体分析：
第一，若是转让方不愿意为股权转让溢价缴纳财产所得税而签订的《股权转让协议》应当认定无效。
第二，若工商局不接受复杂的《股权转让协议》或者是必须使用工商局提供的格式文本，应当以双方实际履行的《股权转让协议》为真实意思表示。法律依据：《民法典》第一百四十六条
行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。
以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。