商标侵权已赔偿如何才能撤案

可以自行签订谅解协议，或者通过法院调解成功，然后由报案人主动申请撤案。
对于一般的商标侵权行为，从法律关系上来说是属于民事法律关系。因此，对于已经立了案的商标侵权案件，投诉人向工商行政管理机关主动申请撤诉的，如果管理机关只要还没有作出行政处罚的决定的，那么是可以不做出责令侵权人赔偿被侵权人的经济补偿的决定的。假如是侵权人的行为扰乱了正常的商标管理秩序的，那么就应当根据具体的情况追究其法律责任。
《民事诉讼法》第一百四十五条，宣判前，原告申请撤诉的，是否准许，由人民法院裁定。