软件著作权同一个材料申请两次

会有影响的，软件著作权登记申请不可以同一个软件申请提交两个，软件著作权登记不可以重复提交。如果第一次申请的有问题可以通过补正来解决，如果需要增加著作权人，下证书之前可以进行著作权人变更。如果想第一次申请作废，重新申请，那么应该将第一次申请的走撤销申请流程。才可以进行再次的申请。