在股權轉讓協議糾紛中,如果雙方當事人對管轄法院有約定且約定有效的,應適用其約定;沒有約定或約定不明,應適用法律規定,即由被告住所地或合同履行地人民法院管轄。【法律依據】根據《民事訴訟法》第26條規定:因公司設立、確認股東資格、分配利潤、解散等糾紛提起的訴訟,由公司住所地人民法院管轄。