公司分支機構註銷流程是:一、成立清算組。公司除因分立、合併需要解散的,均應當在解散事由出現之日起十五日內成立清算組,開始清算;二、註銷公司國、地稅登記證;三、公司主管工商局辦理公司註銷備案。《公司法》第一百八十條規定,公司因下列原因解散:(一)公司章程規定的營業期限屆滿或者公司章程規定的其他解散事由出現;(二)股東會或者股東大會決議解散;(三)因公司合併或者分立需要解散;(四)依法被吊銷營業執照、責令關閉或者被撤銷;(五)人民法院依照本法第一百八十二條的規定予以解散。