商標權和著作權的衝突可以通過協商訴訟的方式解決。相對於商標權，著作權具有在先性。如果著作權人認為商標權人的註冊商標是從其作品直接或間接而來，並未經其許可，著作權人就可以要求商標權人停止使用該商標;同時，如果商標權人的註冊合法，商標權人就可以在商標主管機關未撤銷其註冊商標之前繼續使用該商標。這樣，著作權與商標權的衝突就不可避免。
《商標法》明文規定保護合法的在先權利，如果通過侵犯他人合法的在先權利包括著作權取得商標註冊，商標主管機關應撤銷該註冊商標，但《著作權法》卻沒有相應的規定。從立法上和實踐中妥善解決兩者之間的衝突，是非常必要的。目前，也不乏著作權和商標權衝突的事例。一般來説，在保護在先著作權的同時，應當注意保護商標註冊人的合法權利，具體處理方式，可以在實踐中逐步探索，並上升到立法予以規範。
相關法規依據《商標法》：第三十二條申請商標註冊不得損害他人現有的在先權利，也不得以不正當手段搶先註冊他人已經使用並有一定影響的商標。
第四十四條已經註冊的商標，違反本法第十條、第十一條、第十二條規定的，或者是以欺騙手段或者其他不正當手段取得註冊的，由商標局撤銷該註冊商標;其他單位或者個人可以請求商標評審委員會裁定撤銷該註冊商標。已經註冊的商標，違反本法第十三條、第十五條、第十六條、第三十一條規定的，自商標註冊之日起五年內，商標所有人或者利害關係人可以請求商標評審委員會裁定撤銷該註冊商標。對惡意註冊的，馳名商標所有人不受五年的時間限制。
除前兩款規定的情形外，對已經註冊的商標有爭議的，可以自該商標經核准註冊之日起五年內，向商標評審委員會申請裁定。商標評審委員會收到裁定申請後，應當通知有關當事人，並限期提出答辯。
二、著作權商標權的規定是什麼?
著作權：
著作權過去稱為版權。版權最初的涵義也就是複製權。此乃因過去印刷術的不普及，當時社會認為附隨於著作物最重要之權利莫過於將之印刷出版之權，故有此稱呼。
商標權：
商標權是商標專用權的簡稱，是指商標主管機關依法授予商標所有人對其註冊商標受國家法律保護的專有權。商標註冊人擁有依法支配其註冊商標並禁止他人侵害的權利，包括商標註冊人對其註冊商標的排他使用權、收益權、處分權、續展權和禁止他人侵害的權利。商標是用以區別商品和服務不同來源的商業性標誌，由文字、圖形、字母、數字、三維標誌、顏色組合、聲音或者上述要素的組合構成。
在我們的現實生活當中，商標權和著作權都是屬於知識產權的範疇，因此都是獲得知識產權法律的保護的，沒有經過他人的許可就擅自的使用，他人所擁有的著作權和商標權，將會構成一種侵權的行為，必然是需要承擔相對應的法律責任，也就是侵權責任。
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