醫療事故次要責任的賠償比例是承擔全部損失的20~40%。《醫療事故處理條例》第四十九條規定,醫療事故賠償,應當考慮下列因素,確定具體賠償數額:(一)醫療事故等級;(二)醫療過失行為在醫療事故損害後果中的責任程度;(三)醫療事故損害後果與患者原有疾病狀況之間的關係。不屬於醫療事故的,醫療機構不承擔賠償責任。