公司合同詐騙員工怎麼處理

視具體情況而定。如果員工知道公司的合同詐騙行為依然進行工作的，在詐騙行為中起次要或者輔助作用的，會以合同詐騙罪的從犯處罰，但是應當從輕、減輕處罰或者免除處罰的。
《中華人民共和國刑法》 第二十七條 在共同犯罪中起次要或者輔助作用的，是從犯。 對於從犯，應當從輕、減輕處罰或者免除處罰。