損失由債權人承擔。如果已經提存,那就是意味着雙方的債權債務已經消滅,提存的原因歸於債權人,因此如果標的物損失,當然是由債權人承擔。但是如果是有關部門在提存時存在過失,也會承擔相關責任。《民法典》第五百七十三條 標的物提存後,毀損、滅失的風險由債權人承擔。提存期間,標的物的孳息歸債權人所有。提存費用由債權人負擔。