【無證房屋並不絕對等於違法建築】
實踐中，徵收辦委託的拆遷公司工作人員做被徵收人思想工作時，經常跟被徵收人啓用“胡蘿蔔加大棒”策略：如果在規定期限之內簽訂補償協議，自建面積就可以計算適當補償(一般要打很大折扣)，或者能夠給予5萬到20萬不等的簽約獎勵;如果不籤，那對不起，就只能按照違法建築處理，到時候走執法程序，一分錢不賠、拆了白拆。
上述說法實際並不符合現行法律規範的要求——國務院令第590號《國有土地上房屋徵收與補償條例》第二十四條第二款規定，市、縣級人民政府作出房屋徵收決定前，應當組織有關部門依法對徵收範圍內未經登記的建築進行調查、認定和處理。
對認定爲合法建築和未超過批准期限的臨時建築的，應當給予補償;對認定爲違法建築和超過批准期限的臨時建築的，不予補償;《國務院辦公廳關於認真做好城鎮房屋拆遷工作維護社會穩定的緊急通知》亦規定，對拆遷範圍內由於歷史原因造成的手續不全房屋，應依據現行有關法律法規補辦手續。
根據上述規定，徵收啓動後，應當由徵收人——市、縣級人民政府直接或委託房屋徵收部門進行未登記面積合法性認定，並形成結論：如果可以認定爲合法面積，應當給予補償;如果屬於無法合法化的情形，才能夠由規劃和自然部門啓動拆違執法程序。
【自建房的合法性認定與補償】
在對自建房進行合法性認定時，應當客觀考慮其無證是由於歷史、風俗習慣等原因造成，綜合考量房屋來源、房屋建設的時間和動機、使用情況、使用利益、當時的立法狀況等因素。
目前，在各地徵收實踐中，已經陸續出臺了很多地方性規範性檔案，就未登記面積登記的標準給出了參考依據。
以湖北省荊州市爲例，未進行產權登記但已經取得規劃、住建等部門有關審批手續或者2008年1月1日以前建設、建設於有權使用的土地範圍內、房屋主體結構爲磚木以上等級並具備一定使用條件、房屋層高2.2米以上、四面有承重結構的，可按照合法建築標準給予徵收補償。
該模式合理程度較高，兼顧了法律應用滯後於立法的矛盾。
而深圳、武漢等地的檔案則以房屋建造時間爲軸，劃分爲若干補償標準區間，按照合法面積房屋價值的50%到95%的比例給予補償。
【自建房未進行合法性認定時的救濟】
作出房屋徵收決定的市、縣級人民政府會授權房屋徵收部門進行未登記面積合法性認定。
但是，在不少徵收實務中，可能這個未登記面積合法性認定的工作並未依法實施，導致被徵收人自建房的補償安置不清晰。
在這種情況下，被徵收人可以透過相應的法律救濟途徑主動維護合法權益：
(一)如果還處在協商階段，即未收到徵收補償決定，可以向作出房屋徵收決定的市、縣級人民政府或房屋徵收部門申請其履行對未經登記建築認定處理的法定職責。
後者接到申請之後，應當在兩個月內進行處理。
如果其未處理，或者不服其處理結果，被徵收人可以提起行政複議、行政訴訟。
(二)如果已經收到了徵收補償決定，可以就徵收補償決定申請行政複議或提起行政訴訟。
如果被告區、縣政府不能提供相應證據證明已經就未經登記建築面積由有關部門依法認定爲違法建築或超過批准期限的臨時建築的，那麼複議機關、人民法院通常會認定補償決定違法並責令行政機關重新作出補償決定。
【自建房補貼協議的法律效力】
實踐中，有的被徵收人會被遊說，先就自建房籤一份補貼協議，而協議補貼的內容大抵與前述5萬-20萬的獎勵金性質相似、標準相同，然後再談徵收補償的問題。
被徵收人在不熟悉法律規則的情況下籤了這樣的補貼協議後，能否事後以無證面積應當先行合法性認定爲由推翻協議呢?
在合同不輕易無效的原則面前難度很大，而且證明責任要求極高。
因此，被徵收人更應當從源頭上注意謹慎簽字、謹慎處分自身財產權益，以免事後追悔莫及。
若被徵收人堅持主張自己的自建房應當按照有證面積的補償標準給予同等補償，那麼就不要輕易簽署這樣的額外協議，否則就要受到所籤協議效力的約束。
在明律師最後想提示大家的是，歷史遺留下來，有着超過20年甚至更久遠歷史的自建房應否補償，反映的是行政合理性原則或曰“比例原則”能否被有效激活的問題。
事實上，徵收拆遷項目本身就能一併解決自建房所導致的居住、消防、道路通行、用水用電等各種隱患，那麼完全不必要採取責令限期拆除的手段來處置這類無證房屋。
當收到街道辦事處等機關作出的責令限拆通知時，被徵收人要及時諮詢專業徵收維權律師，透過法律途徑捍衛自身的合法補償權益，讓“以拆違促拆遷”的調調徹底唱不起來。
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