一是協商
醫患雙方就賠償問題進行協商，達成一致意見，雙方簽訂協議書，可以辦理公證或律師見證，並報衛生行政主管部門備案。
二是申請衛生行政部門處理。
當事人應當提出書面申請，並在知道或應當知道身體健康受到損害之日起1年內提出。
三是向人民法院起訴。
醫療糾紛可以不向衛生行政部門申請處理，直接向人民法院提起訴訟，以侵權爲案由的，訴訟時效爲1年，以違約爲案由的，訴訟時效爲2年，均自知道或應當知道自己的權益受到侵害之日起計算。
四是還有調解(第三方支援下協商解決)、仲裁(雙方同意仲裁)等。
二、醫療糾紛處理程序
解決醫療糾紛的方法有醫患雙方協商調解、申請衛生行政部門處理和向法院提起訴訟三種途徑。而現實中，訴訟往往是醫患雙方解決糾紛的首選途徑，患方在醫療糾紛中如何訴訟進行法律上的指導。
1、訴前準備工作。醫療糾紛發生後，患方應第一時間和醫務科聯繫、投訴，要求複印診療病歷，並會同醫方代表一起共同封存病歷(包括診治病歷、住院病歷、手術同意書、會診討論記錄等所有資料)，向醫務科索要《醫療糾紛投訴表》回執。完成上述工作後，患方便可選擇適用何種法律方式解決糾紛了。
2、訴訟。提起訴訟後，法院會安排時間進行第一次開庭，該次開庭主要確認醫患雙方的訴訟主體資格、對雙方提交的病歷資料進行質證，經過質證的病歷將在第一次開庭後由法院移交醫療事故鑑定委員會鑑定。所以在首次開庭這一階段患方應把握好機會，認真仔細審查病歷資料的真實性、規範性、完整性，儘可能將對自己不利的病歷資料排除出有效證據之外。
3、醫療事故技術鑑定。這是醫療糾紛處理程序中最重要的一環，它決定了整個醫療糾紛訴訟的大局。說白了，打醫療糾紛訴訟其實就是打醫療事故鑑定!患方應認真對待，向專家小組提交的《陳述書》內容應儘可能詳細陳述醫療經過，同時着重指出醫方的醫療行爲存在哪些過失，違反何種診療規範。
4、賠償款的確定。醫療事故鑑定結果出來後，如認爲構成醫療事故，患方可根據《醫療事故處理條例》確定賠償款項，但要考慮到醫方的診療行爲和患者出現的損害後果之間存在多大的因果關係，來確定醫方應承擔的責任。如某患者被確診爲癌症晚期，死亡已是不可避免的事實，儘管醫方的診療失誤加速了患者的死亡，但如要求醫方對患者的死亡負全部賠償責任也是不合理的，法院也不會支援。
在法律上，醫生和患者之間本應是平等的地位，可是由於醫方的特殊性，患者往往對醫方行爲和醫術一無所知。這樣，在雙方產生糾紛時，患者常常因爲不知如何取證也不知道哪些證據重要而陷入被動，無法獲得相應的賠償。
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