可以讓分公司開票總公司抵稅嗎

不可以的。分公司開的發票就應當分公司入賬覈算，各自核算絕對不能抵扣他人進項稅額。分公司是總公司下屬的直接從事業務經營活動的分支機構或附屬機構。分公司不具有企業法人資格，不具有獨立的法律地位，不獨立承擔民事責任。
法律依據：
《公司法》第十四條
公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。 公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。