农村土地使用权变更登记程序如下:1.由用地者填写变更土地登记申请书,说明变更依据和变更内容。2.权属审核。核实法人身份证明与申请书上的法人、委托代理人身份证明与委托书上的姓名是否一致。3.进行地籍测量。4.注册登记。5.填发土地证书。属于权属变更的要更换土地证书。【法律依据】根据《土地管理法》第8条规定:城市市区的土地属于国家所有。农村和城市郊区的土地,除由法律规定属于国家所有的以外,属于农民集体所有;宅基地和自留地、自留山,属于农民集体所有。