商标侵权由什么部门查处

工商行政管理部门。依据《商标法》的规定，商标侵权造成受害人利益受损的，可以到工商行政管理部门报案，如果情节严重构成犯罪的，可到公安机关报案。
《商标法》第六十一条规定，对侵犯注册商标专用权的行为，工商行政管理部门有权依法查处；涉嫌犯罪的，应当及时移送司法机关依法处理。