当事人因为运输合同发生纠纷,除协商或仲裁机构申请仲裁的,如果提起诉讼,根据我国《民事诉讼法》第27条规定,管辖法院的确定为:“因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼,由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。”也就是说上述三个地方的法院有管辖权,可以选择适用。
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如果当事人向这些法院都提起了诉讼,根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条之规定:“两个以上人民法院都有管辖权的诉讼,原告可以向其中一个人民法院起诉;原告向两个以上有管辖权的人民法院起诉的,由最先立案的人民法院管辖。”