违法占用集体土地或农用地进行建设，处理：由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
法律依据：
《中华人民共和国土地管理法》第四十三条：任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地；但是，兴办乡镇企业和村民建设住宅经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有的土地的，或者乡（镇）村公共设施和公益事业建设经依法批准使用农民集体所有的土地的除外。
前款所称依法申请使用的国有土地包括国家所有的土地和国家征收的原属于农民集体所有的土地。
第四十四条：建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。 省、自治区、直辖市人民政府批准的道路、管线工程和大型基础设施建设项目、国务院批准的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由国务院批准。
在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施该规划而将农用地转为建设用地的，按土地利用年度计划分批次由原批准土地利用总体规划的机关批准。在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可以由市、县人民政府批准。
第六十七条 县级以上人民政府土地行政主管部门履行监督检查职责时，有权采取下列措施：
（一）要求被检查的单位或者个人提供有关土地权利的文件和资料，进行查阅或者予以复制；
（二）要求被检查的单位或者个人就有关土地权利的问题作出说明；
（三）进入被检查单位或者个人非法占用的土地现场进行勘测；
（四）责令非法占用土地的单位或者个人停止违反土地管理法律、法规的行为。
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