公司合同诈骗员工怎么处理

视具体情况而定。如果员工知道公司的合同诈骗行为依然进行工作的，在诈骗行为中起次要或者辅助作用的，会以合同诈骗罪的从犯处罚，但是应当从轻、减轻处罚或者免除处罚的。
《中华人民共和国刑法》 第二十七条 在共同犯罪中起次要或者辅助作用的，是从犯。 对于从犯，应当从轻、减轻处罚或者免除处罚。