违反国家财政收入上缴由谁做出处罚

律师解析：1、县级以上人民政府财政部门及审计机关在各自职权范围内，依法对财政违法行为作出处理、处罚决定；
2、省级以上人民政府财政部门的派出机构，应当在规定职权范围内，依法对财政违法行为作出处理、处罚决定；
3、审计机关的派出机构，应当根据审计机关的授权，依法对财政违法行为作出处理、处罚决定。
根据需要，可以依法调整财政部门及其派出机构（以下统称财政部门）、审计机关及其派出机构的职权范围。法律依据：《财政部门监督办法》第二条
县级以上人民政府财政部门(以下简称财政部门)依法对单位和个人(以下统称监督对象)涉及财政、财务、会计等事项实施监督适用本办法。
省级以上人民政府财政部门派出机构在规定职权范围内依法实施监督。