两个不一样的户口会被查出来吗

可以查出来，我国公民，一个人只能有一个户口。有两个户口，应主动向公安机关报告，注销其中的一个户口。否则有可能要承担相应的法律责任，乃至刑事责任。
《中华人民共和国户口登记条例》
第六条公民应当在经常居住的地方登记为常住人口，一个公民只能在一个地方登记为常住人口。