总公司与分公司之间管理费该怎样入账

这要看二级公司之间的关系。
(1)如果都是独立法人主体，那么上交管理费就应属于利润分配范畴。
分公司:借:利润分配_上交上级公司管理费
贷:银行存款，或内部往来
上级公司做相反的会计科目。
(2)如果分公司属非法人企业，只是上级公司的全资的分支机构，虽然核算形式上是相对独立的，而非独立的核算单位
分公司:
借:管理费用——上交上级管理费
贷:银行存款或内部往来
上级公司:
借:银行存款
借:管理费用——下级上交管理费用(负数填列)
最后全公司报表合并后，内部收取或上交的管理费对应明细抵销掉。不影响全公司对外披露会计信息的真实性，也不影响纳税。
《中华人民共和国发票管理办法》第二十条