检察院退卷补充侦查是允许，检察院这个方面是存在着退回补充侦查的权利的，毕竟如果事实没有查清楚的话，那么检察院也不能够随意的就向法院提起诉讼，否则法院审判这个过程当中跟检察院还是会有交流的。除非是在一审判决作出前,提起公诉的检察院向法院申请撤回起诉进行补充侦查,经法院裁定准许后才可以,检察院不主动申请法院是不能决定退回的那是违反诉讼程序的如果检察院不主动申请撤回那么法院只能依法作出“证据不足，起诉的犯罪不能成立”的无罪判决。
《刑事诉讼法》第140条规定：“人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕。补充侦查以2次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。 ”
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