归根到底，由于审判依据和审判任务的不同，两者在性质上有区别：
人民法院第一审程序的审判依据是对行政案件的一审管辖权，其性质是对具体行政行为合法性的审查人民法院第二审程序的审判依据是上一级人民法院对下一级人民法院的审判监督权，其性质是对第一审裁判合法性的审查，是将行政机关与行政相对方的特定争议最终予以解决。
2、引起审理程序发生的原因不同。
第二审程序基于当事人行使上诉权而发生，而第一审程序是基于原告行使起诉权而发生。
3、审查对象和范围不同。
一审法院审查的对象是被告作出的具体行政行为是否合法，仅对所争议的具体行政行为合法性和相关的行政法律关系进行审查而二审法院审查的范围除此以外，其直接审查对象还包括一审裁判是否正确，即二审程序中的审查是对具体行政行为和一审裁判的双重性审查。
4、引起审理程序发生的诉讼主体不同。
一审中的原、被告地位是固定的，有资格限制，提起诉讼并引起第一审程序的原告，即是行政对方的公民、法人或者其他组织而二审中当事人的诉讼地位并不固定，没有资格限制，原审中的原告、被告、第三人，既可以充当上诉人、也可以充当被上诉人。
5、审理方式不同。
一审法院审理行政案件，一律实行开庭审理，包括公开和不公开开庭审理；
二审中，人民法院除应采取开庭审理方式外，认为事实清楚的，可以实行书面审理。
6、裁判方式不同。
一审判决针对具体行政行为的质量，可以作出维持判决、驳回诉讼请求判决、撤销判决、确认判决、限期履行法定职责和变更判决等二审判决则限于维持原判、依法改判两种，并可裁定撤销原判，发回原审法院重审。
7、审理期限不同。
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